1949年，中华人民共和国成立后，先后被选为中国科学院社会科学部委、中国文史馆副馆长、第三届全国常务委等职。（据《陈寅恪先生编年事辑》，仅有院长郭沫若函请陈寅恪任科学院哲学社会科学历史研究所第二所长记载，并注明辞谢未就，荐陈垣代己。上述职务据《修水县志稿》），继续任中山大学教授。
1957年，眼疾开始治疗。
1962年，右腿跌骨折，胡乔木前往看望，关心他的文集出版。他说：“盖棺有期，出版无日。”胡乔木笑答：“出版有期，盖棺尚早。”在助手的帮助下，他把《隋唐制度渊源论稿》《唐代政z史述论稿》《元白诗笺证稿》以外的旧文，编为《寒柳堂集》《金明馆丛稿》，并写有专着《柳如是传》，最后撰《寒柳堂记梦》。他的助手黄萱曾感慨地说：“寅师以失明的晚年，不惮辛苦、经之营之，钧稽沉隐，以成此稿（即《柳如是别传》）。其坚毅之精神，真有惊天地、泣鬼的气概。”
1969年10月7日，在广州离开人世；11月21日，夫人唐筼辞世。
四不讲 陈寅恪治学面广，宗教、历史、语言、类学、校勘学等均有独到的研究和着述。他曾言：“前人讲过的，我不讲；近人讲过的，我不讲；外国人讲过的，我不讲；我自己过去讲过的，也不讲。现在只讲未曾有人讲过的。”因此，陈寅恪的课上学生云集，甚至许多名教授如朱自清、冯友兰、吴宓、北大的德国汉学家钢和泰等都来听他的课。
考试怪题 1932年，清华大学举行新生入学考试，国文系主任刘文典约请清华国学研究院“四大导师”之一的着名史学家陈寅恪为国文考试代拟试题。当时陈寅恪已定次日赴北戴河休养，就匆匆草就普通国文试题——作文《梦游清华园记》。另一题为“对对子”，上联为“孙行者”。
这次考试，结果一半以上考生交了白卷。对出“胡适之”而获满分的考生，仅周祖谟（着名语言学家、北京大学教授）一人。答“祖冲之”者，也视为符合要求，因“祖”“孙”尚可成对。还有一考生对以“王引之”，对得也不错。考卷中凡答“唐三藏”“猪八戒”“沙和尚”等都不及格。
当时正是白话文运动蓬勃发展之时，因此有人在报上批评清华大学食古不化，不应出怪题“对对子”考学生。陈寅恪对于用“对对子”形式为考题，提出四条理由：一、测试考生能否区分虚字和实字及其应用；二、测试考生能否区分平仄声；三、测试考生读书之多少及语藏之贫富；四、考察考生思想条理。陈寅恪的解释文章一经发表，这场“风波”即告平息，可见陈公名望颇能服众。
夫妻情深 陈寅恪摔断股骨之后，长年卧床，唐筼又竭尽全力护理丈夫。在频繁的运动中，陈寅恪所有的“声明”、“抗议书”，乃至“交代材料”全出自唐筼的手笔，陈寅恪内心的痛苦、忧愤，应该说唐筼感受得最深切，也最剜心透骨，尽管如此，她却总是努力用女性的全部柔情为丈夫带去心灵的慰藉。
1955年，在两人的结婚纪念日，陈寅恪题诗曰：“同梦葱葱廿八秋，也同欢乐也同愁。”唐筼步原韵和道：“甘苦年年庆此秋，也无惆怅更无愁。”同年为陈寅恪祝寿，唐筼赋诗道：“今辰同醉此深杯，香羡离支佐旧醅。郊外肴蔬无异味，斋中脂墨助高才。
考评陈范文新就，笺释钱杨体别裁。回首燕都初见日，恰排小酌待君来。”尾联满怀深情地回首27年前二人在京华初识的情形，也表明自己虽然历尽磨难，依然无悔当初的选择。陈寅恪经常对女儿说：“我们家里头，你可以不尊重我，但是不能不尊重你们的母亲。”“妈妈是主心骨，没有她就没有这个家，没有她就没有我们，所以我们大家要好好保护妈妈。”
繁体竖排 陈寅恪对文字改革的鲜明态度，向为学界所知，他曾明示自己的着作一定要繁体竖排，否则宁可不出。从1956年1月1日起，中国报刊实行了横排横写。1月31日，《人民日报》发表《汉字简化方案》。1956年，陈寅恪有诗《丙申春日，偶读杜诗“唯见林花落”之句，戏成一律》。陈寅恪历来持有中国文化本位主义的观念，此诗恰是借咏花之事，发出他对触动中国文化根基的文字改革的反感。
此后，关于陈寅恪所着文集出版物无不遵其遗愿，繁体竖排。如吴学昭所着的《吴宓与陈寅恪》一书，本书是通行的横排简体字，然而至陈寅恪的诗句或文章全部是用繁体字印刷的。
二无导师 新成立的国学研究院有四大导师，第一位是开创用甲骨文研究殷商史的王国维；第二位是戊戌变法的核心人物，着述等身的梁启超；第三位是从哈佛大学回国的着名语言学家赵元任。三位导师性格迥异，但都大名鼎鼎。而四大导师中最晚到校的陈寅恪，在当时并不出名，与王国维、梁启超、赵元任相比，陈寅恪既没有显赫的声望，又没有镇服人心的学位。
无着作、无文凭的陈寅恪受梁启超（一说吴宓）举荐为导师时，一度为当时的清华校长曹云祥所拒绝。但事实是，远在德国游学的陈寅恪接到国学院导师的聘书时，年仅36岁。1925年，陈寅恪的身影出现在清华园里。令师生们惊叹的是陈寅恪的博学，他在课堂上讲授的学问贯通中西，连清华的教授们也常来听。有人称他为“活字典”，也有人称他是“教授的教授”。
当年的华北学术界分成两派，一派是本国培养的学者，另一派是有留学经历的。本土派认为，洋派不懂国情，你的学问再高，也是隔靴搔痒，解决不了中国问题。留洋派就觉得本土派太迂腐，眼光太狭，不掌握现代化的工具，因而两派互相瞧不起。但不管是哪一派，谁都不敢瞧不起陈寅恪，这在学术界堪称传奇。吴宓曾不无感慨地说道：“其历年在中国文学、鸣学及诗之一道，所启迪、指教宓者，更多不胜记也。
